set_values是gempy.core.grid_modules.topography.Topography模块中的一个方法，用于设置地形的值。
set_values的参数如下：
values：要设置的地形值。indexes：要设置的位置的索引。positions：要设置的位置的坐标。set_values没有返回值。
import gempy as gp
import numpy as np
# 创建一个gempy.model实例，
# 这里省略了一些创建模型相关的代码
model = gp.create_model('test')
# 创建一个地形类Topography的实例
geo = gp.Topography(model)
# 初始化地形信息
nx, ny, nz = 10, 10, 10
values = np.zeros((nx, ny, nz))
positions = np.zeros((nx * ny * nz, 3))
for i in range(nx):
for j in range(ny):
for k in range(nz):
index = i * ny * nz + j * nz + k
positions[index] = [i, j, k]
# 设置地形值
indexes = np.arange(nx * ny * nz)
values[3:6, 3:6, :] = 1.
geo.set_values(values, indexes, positions)
上述代码中，我们首先创建了一个gempy的模型实例model，然后通过gp.Topography创建了一个地形类的实例geo。接着，我们初始化了地形信息values和positions，其中values是一个大小为10x10x10的全零数组，positions是一个大小为1000x3的全零数组，按照从左到右、从前到后、从下到上的顺序将地形网格的每个点的坐标存入数组中。最后，我们调用geo.set_values方法，将values数组中第4到第6行、第4到第6列的区域的值设置为1.0。